因国家建设需要，上海医药工业研究院抗菌素研究室于1965年整体内迁至成都，成立了四川抗菌素工业研究所。科研机构转制前，先后隶属于化学工业部、燃料化学工业部、石油化工部和国家医药管理总局。2000年科研机构转制后隶属于中国医药集团总公司，2010年12月中国医药工业研究总院成立后，隶属关系由中国医药集团总公司变更为中国医药集团总公司中国医药工业研究总院。2013年8月，经国务院国资委批复，我所全部国有产权划转至成都大学，正式成为学校的组成部分。
经过48年的建设发展，四川抗菌素工业研究所已经从单一的抗菌素研发机构成长为药物研发领域广泛、学科配套齐全、实验室研究开发与中试孵化并举、注重产业应用和开发工业化生产工艺、产学研特色明显的综合性药物研究机构，也是我国主要的药物研发机构之一。
四川抗菌素工业研究所享受国务院政府特殊津贴的专家共33人，获国家人事部中青年突出贡献称号的专家3人，获中央企业劳动模范称号的专家1人，获国家医药管理总局劳动模范的专家2人，获全国医药科技先进个人的专家1人，获全国医药系统劳动模范的专家1人。现具有药学一级学科和生物化工二级学科硕士学位授予点。2011年获准设立“博士后创新实践基地”。
四川抗菌素工业研究所是国家认定的“高新技术企业”，主要从事新药研发和工业化药物生产工艺的研发，下设6个研究部门，分别是化学研究部、生物制药和中药研究部、药理研究部、制剂研究部、质量研究部和信息研究部，并拥有科技部国际科技合作基地（生物医药）、抗生素研究与再评价四川省重点实验室、中国医药集团安全性评价研究中心和成都科技应用创新服务平台服务工作站，同时设有科技图书馆和医药数字化图书馆，编辑、出版国家级专业性学术刊物《中国抗生素杂志》和《国外医药抗生素分册》。
四川抗菌素工业研究所的药物研究领域涉及微生物与生化药物、化学合成药物、生物技术药物、天然植物药物、药物新制剂等，擅长开发产业化生产新工艺、解决产业化生产中的难点和提升产业化关键技术水平；擅长结合生产工艺改进的药品质量研究、并对药物及其杂质（含副产物）的毒性（副作用）和药效给予评价；擅长新药和仿制新药的研究（速度快、研发过程规范、生产工艺设计思路贴近工业化生产条件）。
四川抗菌素工业研究所先后与全国二百多家制药企业建立了多种形式的科研、技术、生产、经营合作关系，仅在成都地区，就与包括科伦药业、联邦药业、康弘药业、升和制药、迪康制药、地奥制药、四川制药、成都恒瑞等数十余家医药企业建立了各种形式的良好合作关系，为这些企业提供新品种、生产工艺、人才培训和技术服务。历年的统计结果表明，我所研发取得的科研成果已有96%以上在制药企业实现了产业化，所生产的药品成本低、质量好，成为临床用药的首选药品；这些成果在创立我所研发品牌的同时也给制药企业带来了显著的经济效益和社会效益。
